Мужской монастырь был заложен на холме, прозванном Сион. К востоку от него располагался Елеонский холм с каменной Елеонской часовней.
При Никоне на территории монастыря был возведён комплекс традиционных для русского зодчества деревянных сооружений. В 1656 году построена деревянная Воскресенская церковь с трапезной, келарской и служебными помещениями. 18 октября 1657 года на её освящении присутствовал царь Алексей Михайлович.
Именно он, глядя на постройки обители с Елеонского холма, впервые назвал монастырь Новым Иерусалимом, это обстоятельство было отмечено на памятном кресте, установленном на Елеоне.
Первым архитектором Нового Иерусалима стал П. И. Заборский — «золотых, серебряных и медных, ценинных и всяких рукодельных хитростей изрядный ремесленный изыскатель, потрудившийся о украшении сея святые церкви в ценинных и в иных делах немалое время»
В правление Петра I в Новом Иерусалиме так же, как и в других крупных обителях, был уменьшен штат монахов, на содержание которых выделялись из монастырских доходов ограниченные средства (остальное уходило в государственную казну). Кроме этого монастырь был обязан поставлять государству лошадей, фураж, ремесленников из числа монастырских крестьян.
При Елизавете Петровне (1741—1761), взявшей монастырь под покровительство, материальное положение Нового Иерусалима улучшилось, увеличились его земельные владения. Благодаря императрице, выделившей 30 тысяч рублей, начался ремонт Воскресенского собора, шатёр ротонды которого обрушился в 1723 году.
Монастырь в XIX — начале XX века стал одним из центров русского паломничества; с постройкой железнодорожной линии Москва-Виндава число посетителей возросло. За оградой монастыря каменные сооружения сменили деревянные гостиницы для состоятельных паломников и странноприимный дом — для неимущих, построено монастырское училище. К 1913 году монастырь ежегодно посещало около 35 000 человек.
В 1919 году монастырь был закрыт. С 1921 года на его территории работало два музея: Художественно-исторический и родного края, которые в 1922 году объединились в Государственный художественно-исторический музей. В его коллекцию вошли предметы из монастырских храмов и ризницы, экспонаты Музея памяти патриарха Никона, картины из художественной галереи, расположенной в Трапезных палатах, материалы археологических раскопок, предметы из усадеб западной части Московской губернии.
10 ноября 1993 года патриарх Алексий II подписал удостоверение своему представителю архимандриту Никите (Латушко), которому поручалось ведение переговоров с властями Московской области, Истринского района и руководством музея «Новый Иерусалим» о возвращении монастыря.
